2013/2014年シーズンのインフルエンザの定点当たり報告数は2013年第43週以降増加が続いている。2014年第1週の定点当たり報告数は2.16（患者報告数9,891）となった。都道府県別では沖縄県（13.10）、岐阜県（8.17）、高知県（6.50）、熊本県（4.88）、鹿児島県（4.22）、愛知県（4.07）、長崎県（3.87）、宮崎県（3.53）、大分県（3.42）、福岡県（3.25）、滋賀県（3.11）の順となっており、29府県で増加がみられた。
　定点医療機関からの報告をもとに、定点以外を含む全国の医療機関をこの1週間に受診した患者数を推計すると約14万人（95%信頼区間：12万人〜15万人）となり、20代、30代がそれぞれ約3万人、40代が約2万人、0〜4歳、5〜9歳、10〜14歳、15〜19歳、50代、60代、70歳以上がそれぞれ約1万人の順となっている。
　全国の保健所地域で警報レベルを超えているのは1箇所（大阪府）、注意報レベルを超えている保健所地域は14箇所（岐阜県3、愛知県3、沖縄県2、秋田県1、大阪府1、高知県1、福岡県1、長崎県1、熊本県1）となった。
　基幹定点からのインフルエンザ患者の入院報告数は162例であり、第52週（79例）より増加した。42都道府県から報告があり、年齢別では0歳（9例）、1〜9歳（38例）、10代（10例）、20代（6例）、30代（7例）、40代（2例）、50代（7例）、60代（12例）、70代（32例）、80歳以上（39例）であった。
　2013年第36〜52週の17週間では、インフルエンザウイルスの検出は、AH3亜型（A香港型）の割合が最も多く、次いでAH1pdm09、B型の順となっている。詳細は国立感染症研究所感染症疫学センターホームページ（http://www.nih.go.jp/niid/ja/iasr-inf.html#graph）を参照されたい。