2013/2014年シーズンのインフルエンザの定点当たり報告数は2013年第43週以降増加が続いている。第51週の定点当たり報告数は1.39（患者報告数6,824）となり、全国的な流行開始の指標である1.00を初めて上回った。都道府県別では山口県（5.12）、鹿児島県（4.67）、高知県（3.92）、大分県（3.52）、佐賀県（3.21）、熊本県（2.58）、埼玉県（2.28）、長崎県（2.19）、沖縄県（2.16）の順となっており、44都道府県で増加がみられた。注意報レベルを超えた保健所地域は7箇所（北海道1、群馬県1、静岡県1、山口県1、高知県1、大分県1、鹿児島県1）認められたが、警報レベルを超えた保健所地域は存在していない。
　基幹定点からのインフルエンザ患者の入院報告数は70例であり、第50週（43例）より増加した。27都道府県から報告があり、年齢別では0歳（3例）、1〜9歳（20例）、10代（2例）、20代（1例）、30代（3例）、40代（2例）、50代（1例）、60代（6例）、70代（9例）、80歳以上（23例）であった。
　2013年第36〜50週の15週間では、インフルエンザウイルスの検出は、AH3亜型（A香港型）の割合が最も多く、次いでB型、AH1pdm09の順となっている。詳細は国立感染症研究所感染症疫学センターホームページ（http://www.nih.go.jp/niid/ja/iasr-inf.html#graph）を参照されたい。