2009年第48週のインフルエンザの定点当たり報告数は39.63（患者報告数190,801）となり、3週連続で増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約189万人となり、第28週以降これまでの累積の推計患者数は約1264万人（95%信頼区間：1245.94万人〜1282.06万人）である。
　都道府県別では福井県（95.44）、大分県（75.22）、宮崎県（69.08）、山口県（63.59）、福岡県（63.35）、鹿児島県（61.95）、長崎県（59.14）、石川県（59.06）、香川県（54.87）、愛媛県（52.87）の順となっている。定点当たり報告数は、北海道を除く46都府県で20.00を上回り、40府県で30.00を、27県で40.00を上回っているが、19都道府県では前週よりも減少している。
　警報レベルを超えている保健所地域は433箇所（47都道府県）となり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は97箇所（32都道府県）となった。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。