2009年第43週のインフルエンザの定点当たり報告数は24.62（患者報告数118,570）となり、前週の値（定点当たり報告数17.65）よりも増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約114万人となり、第28週以降これまでの累積の推計患者数は431万人（95%信頼区間：418.12万人〜443.88万人）である。第43週は、全ての都道府県で定点当たり報告数の増加が認められ、都道府県別では北海道（61.43）、愛知県（39.42）、福岡県（37.35）、兵庫県（33.51）、秋田県（32.15）、三重県（29.97）、神奈川県（29.36）、滋賀県（29.13）、岩手県（29.11）、埼玉県（28.23）、大阪府（27.83）、東京都（25.24）の順となっている。定点当たり報告数は、42都道府県で10.00を、うち21都道府県で20.00を上回っており、全国規模で本格的な流行となってきている。
　警報レベルを超えている保健所地域は151箇所（26都道府県）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は285箇所（鳥取県を除く46都道府県）と共に増加した。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。