2009年第41週のインフルエンザの定点当たり報告数は12.92（患者報告数61,583）となり、前週の値（定点当たり報告数6.40）よりも大きく増加した。定点医療機関からの報告数をもとに、定点以外を含む全国の医療機関を1週間に受診した患者数を推計すると約64万人となり、第28週以降これまでの累積の推計患者数は約234万人（95%信頼区間：223.75万人〜244.25万人）である。都道府県別では北海道（38.96）、愛知県（23.52）、福岡県（23.48）、神奈川県（21.63）、沖縄県（19.48）、東京都（18.98）、大阪府（16.96）、埼玉県（16.89）、兵庫県（16.54）、千葉県（15.79）の順となっている。北海道、首都圏、愛知県、大阪府、兵庫県、福岡県等の大都市圏を中心とした流行は更に拡大し、本格的な流行となってきており、第35週以降減少が続いていた沖縄県も増加に転じた。
　警報レベルを超えている保健所地域は47箇所（北海道14、埼玉県1、東京都2、神奈川県9、愛知県8、大阪府4、福岡県7、沖縄県2）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は174箇所（29都道府県）と共に増加した。
　なお第41週は、東京都、京都市、兵庫県（神戸市以外）においては、集計後にデータ修正操作が行われたことにより、その後の患者数推計値及び地図作成にデータが反映されていない。
　インフルエンザの報告数が増加し始めた第28週以降、検出されているインフルエンザウイルスの殆どが新型インフルエンザウイルスAH1pdmである状態が続いており（感染症情報センターホームページ：http://idsc.nih.go.jp/iasr/prompt/graph/sinin1.gif参照）、最近の発生患者の殆どが新型インフルエンザに罹患しているものと推定される。