2009年第25週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、0.24（報告数1,116）となり、第22週以降減少が続いている。都道府県別では沖縄県（8.88）、山口県（0.72）、鹿児島県（0.43）、長崎県（0.36）、北海道（0.34）、福岡県（0.25）の順となっている。
警報レベルを超えている保健所地域は0箇所であり、注意報レベルのみを超えている保健所地域は前週と同様1箇所（沖縄県）のみである。
　2008年第36週〜2009年第25週までに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,533件、AH3（A香港）型2,229件、B型1,911件が報告されている。なお、新型A/H1N1pdmは356件の報告があり、これは全体の約4.4％にあたるが、季節性インフルエンザの病原体サーベイランスとしてランダムにサンプリングされたものではなく、新型インフルエンザの診断のため検査されたものであり、このウイルスが季節性インフルエンザ全体の中に潜行していることを示すものではない。また、全体の検出数も新型インフルエンザの鑑別診断のために提出されたものが含まれており、全体の数を押し上げる結果となっている。