2009年第20週のインフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、1.06（報告数5,035）となり、継続して減少している。地域的には、依然として流行が残っている地域があり、19道県で、定点当たり1.0以上の報告がある。定点あたり2.0以上の報告があるのは、高いところから、沖縄県（8.2）、秋田県(3.6)、鹿児島県(3.2)、北海道（2.7）、長野県（2.3）、山口県（2.2）の順となっている。第19週から第20週にかけてほとんどの都道府県で減少となっているが、神奈川県、大阪府、山口県、長崎県、沖縄県においてのみ若干の増加がみられる。警報レベルを超えている保健所地域は2箇所（2県）、注意報レベルのみを超えている保健所地域は4箇所（3県）と共に減少している。
　2008年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型3,371件、AH3（A香港）型1,660件、B型1,580件が報告されている。