インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2007年第42週以降増加が続いており、第46週の報告数は0.94（患者発生報告数4415）となった。都道府県別では、北海道（8.1）、沖縄県（3.1）、神奈川県（1.8）、和歌山県（1.7）、千葉県（1.5）、兵庫県（1.4）、岡山県（1.1）、東京都（1.0）、山梨県（1.0）の順となっている。注意報レベルのみを超えている保健所地域は7（北海道5、神奈川県1、長野県1）と増加し、警報レベルを超えている保健所地域も1箇所（北海道1）認められている。
第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はAH1亜型（Aソ連型）123件、AH3亜型（A香港型）7件、B型0件が報告されている。