インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2006年第43週以降増加が続いており、第50週の報告数は0.21（患者発生報告数954）となった。管内が注意報レベルを超えた保健所地域は宮崎県（2保健所）と大分県（1保健所）の計3保健所地域に増加したが、まだ警報レベルを超えた保健所は存在していない。都道府県別の定点当たり報告数は、宮崎県（4.27）、大分県（1.91）、岐阜県（1.45）、沖縄県（0.97）、滋賀県（0.87）、広島県（0.83）が多い。
第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はA/H1（Aソ連）型13例、A/H3（A香港）型4例、B型18例が報告されている。