インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2006年第43週以降増加が続いており、第48週の報告数は0.09（患者発生報告数387）となった。また、宮崎県では管内が注意報レベルを超えた保健所地域が認められた。警報レベルを超えた保健所地域は存在しない。都道府県別の定点当たり報告数は、宮崎県（1.97）、沖縄県（0.67）、広島県（0.51）、岐阜県（0.44）が多い。第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はA/H1（Aソ連）型12例、A/H3（A香港）型2例、B型16例が報告されている。