2006年第4週は感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は32.4となった。都道府県別では福井県（58.3）、愛媛県（48.6）、静岡県（46.1）、宮崎県（45.8）、愛知県（45.0）、佐賀県（44.2）、鳥取県（43.2）、兵庫県（43.0）、三重県（42.5）、広島県（42.2）が多い。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は233（43都道府県）と前週より減少したが、警報レベルを超えている保健所地域は逆に287（ 山形県、山梨県、高知県を除く44都道府県）と更に大幅に増加した。流行地域は東日本に広がってきている。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型154件（16.2%）、AH3（A香港）型793件（83.5%）、B型3件（0.3%）の計950件報告されている。