2005年第47週は、感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点医療機関当たり報告数は0.24と前週の約2倍となった。また、熊本県では管内が注意報レベルを超えた保健所が認められた。警報レベルを超えている保健所地域はない。都道府県別では、山形県（定点当たり報告数2.2）、熊本県（1.4）、沖縄県（1.4）、山梨県（1.3）、長野県（1.0）の5県が1.0を超えている。第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型4件、AH3（A香港）型33件の計37件が報告されている。